Ngày 10 tháng 7 năm 1823, cha xuống tàu đến Ấn Độ hơn 1 năm, sau đó tiếp tục đi Ma Cao rồi qua ngã Lạch Đáy vào miền Bắc. Ngày 05 tháng 01 năm 1826, cha Jaccard đến Nhà chung Giáo phận Đàng Trong, học tiếng Việt, lấy tên Việt là Jaccard - Phan và được bổ nhiệm làm mục vụ tại họ đạo Nhu Lý và Phủ Cam, kiêm nhiệm Chủng viện An Ninh, Quảng Trị.

Tuy vua Minh Mạng đã ra sắc chỉ cấm đạo, nhưng vua vẫn quy tụ các giáo sĩ thừa sai về kinh đô Huế để giúp triều đình dịch các tài liệu và bản đồ bằng ngoại ngữ sang tiếng Việt, hậu ý là cầm chân các thừa sai tại Huế để ngăn việc truyền giáo.

Bị tố cáo giảng đạo bất hợp pháp, cha Jaccard - Phan bị cầm giữ, giải ra công đường huyện Hương Trà, rồi đến Phủ Thừa Thiên, kèm thêm lệnh giao nộp áo lễ, đồ đạo, sách lễ và ảnh tượng. Bản án xử tử đầu tiên của linh mục Jaccard - Phan được đổi sang “giảo giam hậu” (tạm giam chờ ngày xử tử).